Tak isto, ako obchodovanie, sú aj námorné bitky dôležitou súčasťou Port Royale 2. Podľa niektorých sú tu boje úplne zle urobené, ale mne sa veľmi páčia. Je pravda, že môžete útočiť naraz len s jednou loďou proti celej jeho flotile, ale aj malá vec dokáže urobiť veľké veci. S jednou loďou, pokiaľ viete veľmi dobre kormidlovať a veľmi presne strieľať z diel, môžete zničiť celú flotilu. A keď som už pri delách, tak vám poviem, aké druhy gúľ sú v Port Royale 2. Takže sú ťažké gule(na trup lode), kartáčové gule(na plachty) a potom sú ešte gule, ktorými sa ničí posádka. V Port Royale 2 môžete bojovať:

1. Na mori
2. Proti mestu
3. Proti pirátskemu úkrytu

Na mori bojujete tak, ako som to už vyššie vysvetľoval. Proti mestu môžete ísť dvojako. Buď po vode, alebo po pevnine. Po vode mesto dobyjete tak, že zničíte všetky prístavné dela. Po pevníne ho dobyjete tak, že sa vylodíte so svojou posádkou na pevninu a bojujete proti mestskej stráži. Mestských stráží môže byť dosť veľa(aj 3000 a vaša flotila môže mať maximálne 2000), ale na to tu je jeden fígel. Môžete zobrať väčšinu posádky, nech sa bije so strážami a ten zvyšok nech dobyje mestskú bránu. Vtedy ste vyhrali. No môže sa stať, že vás veliteľ mestských stráží vyzve na šermiarsky súboj. Ale o tom potom. No a proti pirátskemu úkrytu bojujete rovnako, ako proti mestu po vode. To znamená, že musíte zničiť prístavné dela. Ešte však predtým ak boli v prístave nejaké jeho lode, tak musíte zničiť najprv tie. Po pevnine ho dobyť nemôžete. Keď zničíte dela, tak vás pirát vyzve na šermiarsky súboj. Šermiarsky súboj je úplne jednoduchý. Proste musíte ho poraziť. Takže musíte naňho útočiť a zase brániť sa, keď útočí on. Tak som vám popísal, ako fungujú boje v Port Royale 2. Keď budete hrať Port Royale 2 dlho, tak si na tie "nevyvážené boje" zvyknete a možno sa vám to po čase začne páčiť. Ako mne.